中國工程院

2025年11月21日

2025年當(dāng)選中國工程院院士名單

（共71人，分學(xué)部按姓氏拼音排序）

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華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士生王楠為該論文第一作者，鄧秀新院士為該論文通訊作者。本期文獻(xiàn)秀，我們就邀請王楠博士為大家?guī)肀酒墨I(xiàn)的科研分享。

活動信息

時間：2022年7月5日

地點：在線直播間

活嘉賓簡介

王楠 博士后

2022年畢業(yè)于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝植物生物學(xué)教育部重點實驗室鄧秀新院士課題組，現(xiàn)為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳基因組研究所博士后。主要工作圍繞柑橘無融合生殖的進(jìn)化研究開展?；谌后w基因組學(xué)解析了柑橘無融合生殖的平行進(jìn)化特征和無融合生殖廣泛發(fā)生的進(jìn)化機(jī)制。

文獻(xiàn)秀直播報名

文獻(xiàn)詳細(xì)解讀

Natl Sci Rev：柑橘無融合生殖演化研究

關(guān)于文獻(xiàn)秀

文獻(xiàn)秀是一個生命科學(xué)優(yōu)秀文獻(xiàn)分享平臺，在這里，我們邀請當(dāng)前熱門科研進(jìn)展文獻(xiàn)的作者，來給大家分享科研經(jīng)歷。歡迎報名參與分享加入我們吧。

2021年4月10日，《BMC plant biology》在線發(fā)表了名為“Cold acclimation can specifically inhibit chlorophyll biosynthesis in young leaves of Pakchoi”研究文章，該研究通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和非靶向代謝組學(xué)聯(lián)合分析，選擇了候選基因及代謝物，并對其進(jìn)行功能驗證，為解析不結(jié)球白菜“Y-05”葉色變化的機(jī)制提供了一定的依據(jù)。

本期文獻(xiàn)秀，我們邀請了本篇文章的第一作者王惠玉博士，針對該篇文章進(jìn)行科研分享及討論答疑

活動信息

時間：1月21日 16:00

形式：免費線上直播

嘉賓簡介

王惠玉 博士

南京農(nóng)業(yè)大學(xué)博士在讀，主要研究方向為不結(jié)球白菜遺傳育種和分子生物學(xué)研究，非生物脅迫抗性機(jī)制等。

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關(guān)于文獻(xiàn)秀

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本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目：Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the MADS-Box Gene Family in Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam]

發(fā)表期刊：《Frontiers in Genetics》

發(fā)表時間：2021年11月

影響因子：4.59

第一作者：邵正偉 廣東海洋大學(xué)

文獻(xiàn)原文：點擊查看

文獻(xiàn)導(dǎo)讀

MADS-box基因是植物中最大的轉(zhuǎn)錄因子家族之一，是廣泛存在于真核生物中的一類轉(zhuǎn)錄因子，它在植物生長發(fā)育中起著重要作用，參與花和果實的生長發(fā)育。甘薯是一類具有很高價值的糧食作物和能源作物。目前對甘薯MADS-box基因的報道較少，對甘薯MADS-box基因的全基因組鑒定和分類研究尚未見報道。本研究首次對甘薯MADS-box基因進(jìn)行了綜合分析，鑒定了甘薯中的MADS-box基因，分析了這些基因的結(jié)構(gòu)和蛋白，并與擬南芥MADS-box蛋白進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。本研究還確定了甘薯MADS-box基因的MADS結(jié)構(gòu)域和核心motif，也在甘薯MADS-box基因的啟動子區(qū)域發(fā)現(xiàn)了光響應(yīng)、生長素響應(yīng)、干旱誘導(dǎo)和茉莉酸甲酯響應(yīng)等順式作用元件，進(jìn)一步揭示了MADS-box基因?qū)Νh(huán)境變化和激素響應(yīng)的調(diào)控基礎(chǔ)。此外，還通過RNA-seq分析了這些基因在不同組織的特異性表達(dá)模式，并進(jìn)行了驗證。本研究從多個角度分析甘薯MADS-box基因的分子基礎(chǔ)，研究了MADS-box基因?qū)Ω适砩L發(fā)育的影響，為甘薯分子育種提供一定的理論依據(jù)。

研究結(jié)果

1、甘薯 MADS-Box家族的鑒定和結(jié)構(gòu)分析

從甘薯全基因組中鑒定出95個MADS-Box基因，根據(jù)基因結(jié)構(gòu)，被分為兩類，I 型和 II型。不同類型的 MADS-Box基因結(jié)構(gòu)有明顯的區(qū)別。大多數(shù)I 型基因長度小于2 kb, 且具有一至兩個長片段外顯子， II型基因長度超過3 kb， 超過6個外顯子，大多數(shù)的外顯子片段是短的。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測分析表明甘薯 MADS-box 基因包含除MADS域的其它結(jié)構(gòu)域。大多數(shù)I 型基因包含數(shù)量不等的低復(fù)雜性區(qū)域結(jié)構(gòu)和卷曲線圈區(qū)域結(jié)構(gòu)，21個 II型基因包含K-box結(jié)構(gòu)域，K-box結(jié)構(gòu)域通常與SRF型TFs相關(guān)，也是 II型MADS-box 基因的特征結(jié)構(gòu)域。

2、MADS 蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化分析

通過MEGA-X構(gòu)建了甘薯，甘薯近緣野生種和擬南芥的MADS-Box蛋白。根據(jù)擬南芥MADS蛋白的分類，甘薯I 型MADS蛋白分為三個亞家族：Mα, Mβ,和Mγ。II型MADS蛋白質(zhì)分為12個亞家族。其中，Mα亞家族和Mβ亞家族各有27種蛋白質(zhì)，Mγ亞家族中16種蛋白質(zhì)含量較少，這與擬南芥蛋白質(zhì)亞家族的分布相似。然而，甘薯近緣野生種I 型MADS蛋白主要在Mα 亞家族中集中分布，Mβ和Mγ亞家族中各只有一個MADS-Box基因。甘薯 II型MADS基因在分類上更接近甘薯近緣野生種。甘薯的II型MADS基因沒有出現(xiàn)在 FLC或TT16亞家族中，在其它亞家族中都有分布，有一至六種蛋白質(zhì)。

3.、MADS-Box的染色體定位

對甘薯中95個MADS-box基因進(jìn)行了染色體定位。結(jié)果表明，除了LG3染色體外，MADS-box基因在甘薯其他14條染色體上的數(shù)量也有所不同。超過10個MADS-Box基因分布在LG7、LG8、LG11和LG15染色體上。LG1、LG5和LG12染色體包含較少的MADS-Box基因，只有一到三個。

4.、MADS蛋白的保守基序分析

甘薯中MADS蛋白基序的數(shù)量存在一定的差異。所有基因都有基序1，可編碼28個氨基酸。超過90個基因包含基序2和基序5。這三個基序編碼的51個氨基酸是MADS-box基因的核心基序。

5.、MADS-Box基因啟動子區(qū)域的順式作用元件分析

根據(jù)在線工具預(yù)測MADS基因的順式作用元件，所有甘薯MADS-Box基因都含有3-12個光相應(yīng)元件，ABA響應(yīng)元件、生長素響應(yīng)元件、還有少量調(diào)節(jié)元件，如晝夜節(jié)律控制元件、分生組織表達(dá)元件、水楊酸響應(yīng)元件、低溫響應(yīng)元件、赤霉素響應(yīng)元件、防御和應(yīng)激響應(yīng)元件，暗示MADS-box基因可以響應(yīng)各種環(huán)境變化，協(xié)調(diào)甘薯的生長發(fā)育。

6.、MADS-Box基因的表達(dá)譜

為了研究MADS-box基因在甘薯中的表達(dá)模式，轉(zhuǎn)錄組測序表明大多數(shù)甘薯MADS-box基因存在表達(dá)特異性。34個基因在甘薯花和果實中特異表達(dá)，其余基因在營養(yǎng)組織如根和莖尖中高表達(dá)。大量I型基因主要在莖尖表達(dá)，提示Ⅰ型基因在一定程度上參與了甘薯地上部分的營養(yǎng)生長過程。

總體而言，甘薯MADS-box基因參與了甘薯花和果實等生殖器官的生長發(fā)育。它們在甘薯的根、莖和葉等營養(yǎng)生長和發(fā)育過程中至關(guān)重要。

本期文獻(xiàn)秀我們邀請到了本篇文獻(xiàn)的第一作者為我們分享他的研究思路和文獻(xiàn)內(nèi)容，活動信息如下：

活動信息

時間：12月10日 16:00

形式：免費線上直播

本期分享嘉賓

邵正偉 碩士

廣東海洋大學(xué)碩士，研究方向為甘薯遺傳育種、甘薯塊根發(fā)育機(jī)理相關(guān)研究。目前已發(fā)表一篇中文核心和一篇二區(qū)SCI，擅長生物信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)分析與可視化處理。

本期文獻(xiàn)秀直播就分享一篇案例，帶領(lǐng)大家進(jìn)入多組學(xué)聯(lián)合分析的新視野。

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目：Multiomics analysis reveals new insights into the apple fruit quality decline under high nitrogen conditions

發(fā)表期刊：《Journal of Agricultural and Food Chemistry》

發(fā)表時間：2021年05月

影響因子：5.279

第一作者：王芬 山東農(nóng)業(yè)大學(xué)

文獻(xiàn)解讀：點擊查看

原文下載：點擊下載

活動信息

時間：11月26日 16:00

形式：免費線上直播

該研究首次公布了棉屬中二倍體圓葉棉基因組，并對亞洲棉和雷蒙德氏棉基因組進(jìn)行了升級，解析了轉(zhuǎn)座子活動驅(qū)動的基因組大小進(jìn)化特征，從轉(zhuǎn)座子擴(kuò)增和染色質(zhì)空間結(jié)構(gòu)角度為棉花物種進(jìn)化提供新的見解，為植物中轉(zhuǎn)座子活動介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控進(jìn)化研究提供參考。

本期文獻(xiàn)秀我們邀請了李健英博士為我們分享棉花轉(zhuǎn)座子與基因組三維結(jié)構(gòu)進(jìn)化的奧秘。

活動信息

時間：11月12日 16:00

形式：免費線上直播

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目：Comparative Genome Analyses Highlight Transposon-Mediated Genome Expansion and the Evolutionary Architecture of 3D Genomic Folding in Cotton

發(fā)表期刊：《Molecular Biology And Evolution》

發(fā)表時間：2021年05月

影響因子：16.24

第一作者： 李健英 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)

文獻(xiàn)原文下載：點擊下載

詳細(xì)文獻(xiàn)解讀：點擊查看

本期分享嘉賓

李健英 博士后

李健英，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士后，作物遺傳改良國家重點實驗室Research Associate。近年來，挖掘了棉花受蟲害侵染后的基因庫；剖析了棉花再生的分子機(jī)制和基因編輯脫靶效應(yīng)；組裝了多個棉花參考基因組和泛基因組；揭示了棉花屬基因組大小進(jìn)化規(guī)律；解析了纖維品質(zhì)性狀形成的基因組學(xué)基礎(chǔ)。從2016年至今，以第一（含共同）作者在Genome Biology, Molecular Biology and Evolution, Plant Biotechnology Journal (3篇)等發(fā)表6篇，以參與作者在Nature Genetics, Nature Plants, Advanced Science等發(fā)表15篇，被引超過1200次。主持了國家自然科學(xué)基金、博士后面上基金、湖北省博士后創(chuàng)新崗位等項目，獲得了中國作物學(xué)優(yōu)秀博士論文。受邀在國際動植物基因組大會、華人基因組沙龍、長三角博士生論壇等作報告5次。

關(guān)于文獻(xiàn)秀

中文題目：轉(zhuǎn)錄組分析揭示了不同土壤含水量條件下甘肅內(nèi)生真菌改變了宿主醉馬草激素生物合成和響應(yīng)通路

英文題目：Transcriptome Analysis Revealed Plant Hormone Biosynthesis and Response Pathway Modification by Epichlo? gansuensis in Achnatherum inebrians under Different Soil Moisture Availability

期刊: Journal of Fungi

影響因子:5.816 (2020年)

發(fā)表時間：2021年08月

文獻(xiàn)解讀：點擊這里

第一作者：趙振銳 蘭州大學(xué)

直播文獻(xiàn)研究背景

干旱是影響植物正常生長和限制作物產(chǎn)量的重要因素之一。醉馬草是禾本科芨芨草屬的多年生草本植物，廣泛分布在我國西北地區(qū)。野生醉馬草內(nèi)生真菌帶菌率近乎100%，二者的互利共生使醉馬草適應(yīng)了我國西北地區(qū)長期干旱的氣候。本研究以醉馬草內(nèi)生真菌共生體為試驗材料，在溫室盆栽條件下設(shè)置三個水分梯度處理，通過形態(tài)學(xué)指標(biāo)的測定結(jié)合轉(zhuǎn)錄組測序的分析，明確內(nèi)生真菌和水分互作對醉馬草激素合成和響應(yīng)通路上差異基因表達(dá)的影響，并通過ELISE測定水楊酸和茉莉酸含量，從植物激素的視角來探究內(nèi)生真菌提高宿主醉馬草對干旱脅迫的響應(yīng)機(jī)理。

本期文獻(xiàn)秀，我們就邀請了本文的第一作者趙振銳來給大家分享該篇文獻(xiàn)的科研經(jīng)歷。

活動信息

時間：09月28日 16:00

形式：免費線上直播

嘉賓介紹

趙振銳 碩士

畢業(yè)于蘭州大學(xué)草地農(nóng)業(yè)科技學(xué)院，獲得推免資格在蘭州大學(xué)草地農(nóng)業(yè)科技學(xué)院攻讀碩士學(xué)位，主要研究方向為植物-微生物互作提高宿主植物抗逆機(jī)理研究，以第一作者在《草業(yè)科學(xué)》和《Journal of Fungi》期刊發(fā)表文章各一篇，授權(quán)國家計算機(jī)軟件著作權(quán)1件。

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時間：09月17日 16:00

形式：免費線上直播

文獻(xiàn)研究背景

植物的根往往被土壤細(xì)菌所侵染，這些細(xì)菌被認(rèn)為是抗生素抗性基因(ARGs)的主要接納體。ARGs可以在這些微生物和病原體之間轉(zhuǎn)移，但這些ARGs和病原體在多大程度上從土壤傳播到植物的機(jī)制還不清楚。作者使用擴(kuò)增子和宏基因組測序研究了紅樹林幼樹土壤-根系連續(xù)體的高分辨率抗性剖面。數(shù)據(jù)顯示，91.4%的ARGs在4個與根系相關(guān)的空間(內(nèi)圈、epis圈、根圈和未種植土壤)共享。與微生物區(qū)隔選擇動力學(xué)不同，導(dǎo)入以一種連續(xù)的方式散布在土壤-根系連續(xù)體上。這種傳播與潛在的根系相關(guān)的細(xì)菌和真菌微生物群無關(guān)，但可能是由多種可移動遺傳元素促進(jìn)。創(chuàng)傷弧菌、致病性大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌作為多藥耐藥病原菌，在4個隔室中均占主導(dǎo)地位，表明抗生素病原菌可能沿土壤-根系連續(xù)體傳播。通過解讀根系相關(guān)抗性和病原體的形態(tài)和動態(tài)，作者的研究確定了土壤-根系連續(xù)體是一個相互連接的匯，通過它，某些ARGs和病原體可以從土壤流向植物。
本期文獻(xiàn)秀，我們就邀請了本文的第一作者胡瑞文博士來給大家分享該篇文獻(xiàn)的科研經(jīng)歷。

本期分享文獻(xiàn)

文獻(xiàn)題目：Prevalence of antibiotic resistance genes and bacterial pathogens along the soil-mangrove root continuum

發(fā)表期刊：《Journal of Hazardous Materials 》

發(fā)表時間：2021年4月

影響因子：10.588

第一作者：胡瑞文 中山大學(xué)

點擊查看文獻(xiàn)解讀：

https://mp.weixin.qq.com/s/mSf-OFUapJw6Upy1Yf9BYg

本期分享嘉賓

胡瑞文 博士

主要從事環(huán)境微生物組相關(guān)研究，關(guān)注的研究方向：1，環(huán)境污染物的微生物降解；2，環(huán)境微生物的相互作用機(jī)制； 3，河口與海洋生態(tài)系統(tǒng)中微生物介導(dǎo)的元素循環(huán)。

張雨 研發(fā)工程師

畢業(yè)于武漢大學(xué)，具有5年微生物組學(xué)研究經(jīng)驗，目前負(fù)責(zé)宏基因組生信分析相關(guān)研發(fā)工作。

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文章題目：Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation?and Third-Generation Sequencing

發(fā)表期刊：《Microbial Ecology》

發(fā)表時間：2021年3月

影響因子：4.55

第一作者：楊子文 中山大學(xué)

原文下載：>>點擊下載

昆蟲的共生微生物參與了寄主生存與適應(yīng)的諸多重要環(huán)節(jié)，包括消化、營養(yǎng)和防御等，時常發(fā)揮著關(guān)鍵的作用，因此也被視為推動昆蟲快速演化的關(guān)鍵因素之一。隨著對于昆蟲共生微生物的研究從模式生物和經(jīng)濟(jì)類群逐漸拓展到更大多樣性規(guī)模的昆蟲物種，如何在長時間的野外采集工作中高質(zhì)量地保存樣品，也成為后續(xù)研究中需要有效應(yīng)對的一項挑戰(zhàn)。

本文對昆蟲樣品野外保藏的四種常見方法進(jìn)行了評估，并分別采用了二代測序技術(shù)以及三代測序技術(shù)對平行數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。2021年3月11日，研究成果以“Evaluation of Sample Preservation Approaches for Better Insect Microbiome Research According to Next-Generation and Third-Generation Sequencing”為題，發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊《MICROBIAL ECOLOGY》上。

本期文獻(xiàn)秀邀請了本文第一作者楊子文博士為大家?guī)碓摽蒲许椖康难芯拷?jīng)歷。

活動信息

時間：8月13日 16:00

形式：免費線上直播

本期分享嘉賓

楊子文 博士

中山大學(xué)生態(tài)學(xué)專業(yè)，獲得南京大學(xué)學(xué)士學(xué)位以及中山大學(xué)碩士學(xué)位。研究方向為利用組學(xué)技術(shù)以及生物信息學(xué)研究蝽類昆蟲與微生物共生關(guān)系的演化。

李漢洲 產(chǎn)品經(jīng)理

畢業(yè)于哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，具有6年微生物組學(xué)研究經(jīng)驗，現(xiàn)任百邁客微生物產(chǎn)品經(jīng)理。

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